مجموعه مستند «داستان یک پایان» مروری بر تاریخ ۵۰ ساله گروهک منافقین است که سیر شکل‌گیری سازمان مجاهدین خلق و انشعاب آن در این مستند بررسی می‌شود. فیلم مستند «داستان یک پایان» روایتی است از سرکردگی مسعود رجوی بر سازمان منافقین که در شش قسمت چگونگی این امر را از بدو تشکیل سازمان تا آخرین روزهای سرکردگی او به تصویر می‌کشد.

شروع نافرجام، افتادن نقاب، لشکرکشی تا کمینگاه، تولد یک فرقه، اسیر در زنجیر دروغ و پایان یک رؤیا عناوین قسمت های مستند «داستان یک پایان» است.